Это один из самых древних в Великом Ростове. Монастырь расположен на берегу о. Неро. Монастырь основал в период 11–12 веков Авраамий Ростовский, поселившийся на берегу озера рядом с языческим капищем, где находился идол Велеса. По легенде, прп. Авраамий хотел сокрушить его. После видения, бывшего ему, он отправился в Царьград. Отойдя от Ростова, у переправы возле Ишни он повстречался с Иоанном Богословом, который вручил ему посох.
Этим посохом Авраамий сокрушил идола. На Ишне он построил церковь во имя Иоанна Богослова. На месте языческого капища, в котором он разрушил идола, прп. Авраамием был основан Богоявленский храм. К преподобному пошли верующие, желавшие остаться с ним. Так на берегу о. Неро появился монастырь для мужчин, который просуществовал в течение многих столетий, то есть до 1915 года. В 15 веке Авраамий Ростовский был канонизирован, но его мощи почитали еще в 12 веке. До 16 века монастырь имел деревянные постройки.
Только в 1553 году по распоряжению Иоанна Грозного построили монументальный собор Богоявления Господня, имеющего несколько приделов, который считается ровесником храма Василия Блаженного в Кремле. Монастырский храм был построен и в честь взятия города Казани русскими воинами. Внимание, которое проявил царь к Авраамиеву монастырю, было не случайным. Монастырская летопись гласит, что, отправляясь на Казань, царь взял в поход монастырскую святыню − посох Иоанна Богослова, хранившийся вместе с мощами прп. Авраамия. Существует версия, не подтвержденная историческими документами. Она состоит том, что на строительство храма царь Иван Грозный посылал мастера А. Малóго. Богоявленский собор – это высокое здание на 4 столпа. Оно увенчано 5-ю главами.
Здание стоит на подклете. С юга оно расширено галереей, как многие храмы в Ярославле. Архитектурная манера этого города проявляется ещё в том, что на юго-западе галереи имеется колокольня. Восточная часть завершается приделом. В храме есть 3 придела, посвященные Иоанну Богослову, Иоанну Предтече, Авраамию Ростовскому. Особенно выделяется придел Авраамия Ростовского, увенчанный красивым шатром. В приделе находятся мощи святого Авраамия, его крест от чудесного жезла, шапка архимандрита. Собор перестраивался не раз, надстраивалась колокольня, барабаны делали выше.
Позакомарное фигурное покрытие, придающее собору устремление ввысь, заменили простым четырехскатным. Но это не сохранило прежнюю величественность и грандиозность собора. Когда игуменом этого монастыря был Иона Сысоевич, будущий митрополит Ростова, здесь построили в 1650 году 2-ую церковь из камня − Введенскую. Это обычная трапезная церковь, четырехугольная в плане, с одной главой, восьмискатным покрытием, построенная из большемерного кирпича.
Она, скорее всего, с начала соединялась переходом-галереей с Богоявленским собором, который позднее разобрали. В подклете храма имеется захоронение отца Ионы, схимонаха Сысоя. В 1691 году на средства, которые пожертвовали бояре Мещериновы, была построена надвратная церковь во имя святителя Николая. В 19 веке эту церковь сильно перестроили. До настоящего времени на территории монастыря сохранился настоятельский корпус, трапезная палата от 1892 года. Практически не сохранилась ограда монастыря, возведенная в 18 веке. В советское время разрушили часовню, стоявшую над могилой старца по имени Пимен.
По преданию, он был подвижником, затворником, не снимал до конца жизни вериг. Своими молитвами старец исцелил купца по фамилии Хлебникова от мигрени. Тот в благодарность старцу построил часовню над его могилой. В обители сохранили вериги старца, которые весили 25 кг, гири. Некоторые богомольцы возлагали эти вериги на себя, обходили с ним 3 раза часовню Пимена. В разное время монастырь посещала царская семья, Иоанн Кронштадский, будущий российский Патриарх Тихон. В 1915 году сократившаяся братия была переведена в Спасо-Яковлевский монастырь. В обитель въехали сестры из Полоцкого монастыря, что в Белоруссии. Они привезли с собой святые мощи игуменьи Евфросинии, которая основала их обитель. Несколько позднее монахини вернулись в Полоцк.
Из монастыря в советские времена изъяли ценности, а часть келий заняли рабочими квартирами. В 1929 году в монастырских храмах запретили богослужения. Мощи Авраамия перенесли в музей. Многие монахи были арестованы и репрессированы. Богоявленский собор отдали под склад зерна. В Введенском храме сначала работал детский сад, потом – санаторий, вытрезвитель. В 1990 годах монастырь находился в плачевном состоянии. В 1994 году часть зданий было передано патриаршему подворью Москвы. В качестве приходской открыли тогда Никольскую церковь. Сегодня монастырь снова возвращается к жизни.
